I FMK opereres der med et pauserings-begreb for ordinationer. Dette indebærer at en ordination er sat på pause, og at patienten derfor ikke skal tage medicinen fra den pauserede ordinatnion. Der har været et udbredt ønske om at FMB kunne tage højde for pauseringer ved beregninger af svar fra FMB, således at man ikke fik irrelevante advarsler om pauserede ordinationer.

I FMB er en pausering beskrevet ved en obligatorisk startdato, en optionel slutdato og en obligatorisk localRef (af hensyn til evt valideringsfejl).

En ordination har et optionelt array, pausedPeriods, tilknyttet, hvor elementerne er pauseringer som de er beskrevet ovenfor.

I det følgende beskrives hvorledes FMBs håndtering af ordinationers pauseringer indvirker på de enkelte moduler i FMBs respons.

Modulerne kan opdeles i tre grupper, der deler adfærd i forhold til håndtering af ordinationer

1. Moduler hvor svaret for en given ordination ikke afhænger af øvrige ordinationer. Dette omfatter modulerne R2 - CAVE og KrydsCAVE, R4 - Reduceret nyrefunktion, R6 - Børn, R7 - Kontraindikationer og forsigtigheder, R8 - Indikation, R9 - Graviditet og R10 - Amning.
2. Moduler hvor svaret afhænger af vekselvirkning mellem ordinationer, men ikke deres underlæggende doseringer. Dette omfatter modulerne R1 - interaktion og R5 dobbeltordination.
3. Moduler hvor svaret afhænger af flere ordinationer og desuden er afhængigt af de underliggende doseringer. Dette omfatter modulet R3 - Maxdosis.

For gruppe 1 gælder at der gives en advarsel, hvis der for den relevante ordination findes et tidspunkt i dens interval mellem start og slutdato, der ikke er omfattet af en af ordinationens underlæggende pauseringsperioder. Hvis ordinationen aktuelt er pauseret, er dette angivet i background text. Bemærk i øvrigt at der ikke evalueres i fortid. Der vil altså ikke blive givet en advarsel hvis en pausering gælder fra dags dato uden slutdato, heller ikke selv om ordinationen har en startdato, der ligger længere tilbage i tid, og altså har været aktiv på et tidspunkt.

For gruppe 2 gælder at advarslerne normalt (altså uden pauseringer) er drevet af tidsmæssige overlap. Hvis to ens ordinationer overlapper i tid gives en advarsel om dobbeltordination. Hvis ikke der er et tidsmæssigt overlap gives ingen advarsel. I forhold til håndtering af pauseringer, gælder nu at det tidsmæssige overlap for at resultere i en advarsel, nu ikke må være fuldstændig omfattet af den samlede mængde af ordinationenernes pauseringsintervaller. Et overlap mellem to ens ordinationer på en måned kan således godt resultere i en advarsel, hvis kun en del af overlappet, f.eks. 14 dage, er omfattet af ordinationers pauseringsperioder.

For gruppe 3 gælder at advarslerne her er drevet af summerede doseringer fra potentielt flere forskellige ordinationer. I dette tilfælde gælder, at en dosering under en ordination ikke bidrager til summen på et tidspunkt hvor den overliggende ordination er pauseret. Bidragene til dosis fra en ordination medtages altså ikke på de tidspunkter hvor den er pauseret.

Eksempler: